Estudios a escala masiva de los efectos de alteraciones en maquinaria de transcripcion mediante procedimientos bioinformaticos

Abstract

[ES]La transcripción es un proceso llevado a cabo por RNA polimerasas heteromultiméricas dependientes de DNA que presentan una gran conservación a lo largo de la evolución (Werner & Grohmann, 2011). En eucariotas encontramos tres polimerasas principales (RNA poi 1, 11 y 111). La RNA polimerasa II es la encargada de sintetizar todos los RNA mensajeros de la célula, junto a otros pequeños no codificantes. Está constituida por 12 subunidades (Rpbl-Rpb12) de las cuales tan solo Rpb4 y Rpb9 son dispensables para la viabilidad celular (N. Woychik, liao, Kolodziej, & Young, 1990). la subunidad Rpb4 se encuentra asociada a Rpb7 formando un dímero que constituye el subcomplejo tallo o "stalk", el cual puede encontrarse asociado o no a la RNA poi 11 (Armache, Mitterweger, Meinhart, & Cramer, 2005) y está implicada en el transporte al citoplasma, traducción, estabilidad y degradación de los mRNAs (Garrldo-Godino et al., 2016) (Choder, 2011) (Shalem, Groisman, Choder, Dahan, & Pilpel, 2011) (Choder, 2004). En este estudio se pretenden llevar a cabo análisis bioinformáticos con datos de secuenciación masiva obtenidos por RNA-Seq para poder determinar las consecuencias de mutaciones que conllevan la carencia de la subunidad Rpb4 de la maquinaria de transcripción, RNA poi 11, de Saccharomyces cerevisiae. Se pretende observar la expresión génica, las categorías funcionales y los factores de transcripción además de realizar otros análisis necesarios para obtener las conclusiones buscadas[EN] Transcription is a process carried out by DNA-dependent heteromultimeric RNA polymerases with high conservation throughout evolution (Werner & Grohmann, 2011). In eukaryotes we find three main polymerases (RNA poi 1, 11 and 111). RNA polymerase II is responsible for synthesizing all the messenger RNAs of the cell, along with other small non-coding RNAs. lt consists of 12 subunits (Rpbl-Rpb12) of which only Rpb4 and Rpb9 are dispensable for cell viability (N. Woychik, et al., 1990). The subunit Rpb4 is associated with Rpb7 forming a dimer that constitutes the stalk sub-complex, which mayor may not be associated with RNA poi 11 (Armache, et al., 2005) and is involved in the transport to the cytoplasm, translation, stability and degradation of mRNAs (Garrido-Godino, et al., 2016) {Choder, 2011) (Shalem, et al., 2011) (Choder, 2004). In this study, bioinformatics analyses are to be carried out with mass sequencing data obtained by RNA-Seq in order to determine the consequences of mutations that lead to the lack of the Rpb4 subunit of the transcription machinery, RNA poi 11, of Saccharomyces cerevisiae. The aim is to observe gene expression, functional categories and transcription factors, as well as to carry out other analyses necessary to obtain the desired conclusions.