Aplicación de técnicas de muestreo mejorado en la localización de sitios de unión de proteínas implicadas en patogénesis

Abstract

[ES]El objetivo del presente trabajo fue el de comprobar si se pueden mejorar los resultados de una metodología de docking basada en la solvatación de la proteína diana con cajas pre-equilibradas de ligando solvatado, usando en este caso una modificación centrada en la mejora del muestreo conformacional. Esta metodología, llamada fdMD, se aplicó anteriormente a un conjunto de ligandos y proteínas diana, y ahora se comparan los resultados para dos de los ligandos estudiados entonces. Los resultados para estos dos ligandos, llamados F031 y F035, son diferentes, y también dependientes de los diferentes métodos ensayados, aunque como conclusión general se puede decir que sería necesario aumentar el tiempo de simulación, que éste es dependiente del sistema estudiado, y que los descriptores usados para evaluar los resultados parecen correctos.

[EN]The objective of this work was to check whether the results of a docking methodology based on the solvation of the target protein with pre-balanced boxes of solvated ligands can be improved, using in this case a modification focused on improving the conformational sampling. This methodology, called fdMD, was previously applied to a set of ligands and target proteins, and now the results for two of the ligands studied then are compared. The results for these two ligands, called F031 and F035, are different, and also dependent on the different methods tested, although as a general conclusion it can be said that it would be necessary to increase the simulation time, that it is dependent on the system studied, and that the descriptors used to evaluate the results seem correct.