Infraestructura Cloud para su uso en bioinformática

Abstract

[ES]El objetivo de este proyecto es crear una infraestructura cloud para la ejecución de distintas aplicaciones bioinformáticas. Una de las aplicaciones, llamada BLAST, se encargará de realizar el alineamiento de muestras de nucleótidos y proteínas. La otra aplicación, conocida como Trinity, realiza la secuenciación De novo del ARN a partir de un conjunto de muestras problema extraídas y purificadas de las células. La infraestructura cloud se construirá utilizando OpenNebula. En dicha infraestructura se ejecutarán una colección de máquinas virtuales las cuales serán gestionadas mediante un sistema gestor de recursos distribuidos llamado Open Grid Scheduler. Así, se creará un grid de máquinas virtuales que ejecutarán en paralelo y de manera distribuida las tareas asociadas a la secuenciación. Se propone, además, construir una interfaz de usuario utilizando para ello una aplicación web. Se crearán lo distintos menú y elementos necesarios para poder interactuar con estas herramientas bioinformáticas.

[EN]The objective of this project is to create a cloud infrastructure for the execution of different bioinformatics applications. One application, called BLAST, is responsible for conducting the alignment of nucleotide and protein samples. The other application, known as Trinity, performs De novo sequencing of RNA from a set of test samples extracted and purified from cells. The cloud infrastructure will be built using OpenNebula. In this infrastructure, a collection of virtual machines which will be managed by a distributed resource manager system called Open Grid Scheduler. By this way, a grid of virtual machines that run in parallel and in a distributed way the tasks associated with the sequencing will be created. In addition, a user interface will be constructed, using a web application proposes. The different menu and necessary elements will be created to interact with these bioinformatics tolos.